试用期劳动合同纠纷我该怎么办?

我是一家公司的员工，公司是北京总公司的.下属分公司，今年5月底与济南这家公司签订了三个月的试用期合同，试用期满后，经过分公司领导与总部协商，准备予以转正，但是没有下来转正报告，10月初发工资的时候按照合同约定发放了转正工资，领导通知我转正了，但是9月29日的时候总部发来一份总部CEO署名的暂不同意转正延长2月试用期的通知，日期是9.28，离我被告知转正已经近一个月了，当11月初发放工资时他们当月按照试用期工资给我工资并且扣除了所谓上次多发的工资，请问这是不是违规的？现在已经干了5个月多了，我不知道他们什么时候还说要开除我，我简直受不了了，劳动法里说试用期满3-6月就无权以不合格为由辞退的，感觉自己很窝囊。请问如果发生争议我该向谁投诉，总部还是分部？（分部完全听命总部，人事和工资都是总部管）公司每次发放都是经过了董事长的签字的。