离职一月后补的离职申请，公司可以扣我的工资吗？

我在2008你那6月进入公司，签了劳动合同但没有买保险，在2010年公司为我买了保险，我在2011你那2月与经理有些矛盾就提出辞职，没有提前一个月，提前了十几天，在2011年2月底辞职离开，由于经理不同意，我也就没有写书面申请，离职一个月后，我去补了离职申请，但听说我的工资都要扣完，工作期间有培训，培训协议到工作满五年，但都不是我们自愿签的'，公司的人说只是形式，请问我能拿回我的工资吗？还有我最初进入公司缴的保证金能退吗？