试用期辞职主管批了，但在工资上要扣3分之2？

我在一公司5月23上班，是一名业务员，最近因为回家发展，就跟公司辞职，今早上6月7日去递交辞职单经理给我批了，财务说工资我上了多少天就给我发多少工资，但是到下午，经理突然打电话来，说我上班天数才11天，按工厂规定要扣3分之2，然后我就跟他说，这样是违法的`，反正跟他说了一大堆的法律知识，后来我退步了，说扣3分之1我同意，扣3分之2我就去申请劳动仲裁，后来他也没说什么，刚给我发信息说，公司总经理不批我，要我去上班，3天之内不去就算自离，我就郁闷了，是不是我明天去上班按试用期提前3天辞职，还是直接去劳动局申请仲裁呢？急急