自动离职工资结算

我司有一员工
11.1日入职公司干到12.1
自行不来了
12.15日今天来的.
请问我该怎么给他算工资啊
我们是每月15日发上月工资
还有就是我们公司制度里规定“旷工日按两倍事假工资计算连续旷工三天视为自动离职，全年累计旷工五天，公司保留解除劳动合同及取消年终奖金（及带薪年假）的权利。”他11月出勤19天，12月旷工10天，请问怎么给他算，我给他按旷工10天算，他就没钱可拿了，但是这样是不是太不合理？还是我可以给他算旷工3天，自动离职。请问流程应该怎样。我是菜鸟，希望得到高人的指点。