关于公司采购员离职后不肯归还在职时的采购借款

我们是一家机械制造公司,2月28日由于合同到期,公司采购员赖某另谋发展,向公司提出离职申请.按照正常的离职程序办理,但到了财务部门出现了问题:尚有4000元未退回财务,当时赖某说是等结工资时再结清.过了两天赖某来公司结工资时,反口向公司领导要去年的加班费,双方相抵.公司的意见:如果对加班费的.结算有异议,可以向劳动部门投诉,但借公司的货款要退还.结果大家不欢而散.(对于欠他加班费问题,我们还重新核算过,不存在欠款).我们公司在这种情况下,如何做?现希望得到法律的帮助,谢谢.